Le Fonds de solidarité Jeunes en mer est abrité par la Fondation Pacifique, organisation sans but lucratif née et basée à Genève, partenaire privilégié de l’association depuis 2007. Il consiste en un fonds dédié exclusivement à la prise en charge des bénéficiaires du programme Jeunes en mer.

La Fondation étant reconnue d’utilité publique, tout don qui lui est fait est fiscalement déductible.